酶制剂是一类最常用的加工助剂，在烘焙过程中，发挥改善功能的烘焙酶被高温烘烤所破坏，所以不必在标签上声明。因此，烘焙酶为烘焙食品带来了实现清洁标签的机会。
过去传统的面包制造用天然酶来延长发酵时间，小麦面粉中的天然酶分解淀粉、蛋白质、非淀粉多糖和脂类，使烤面包质量更好，味道更可口，营养更丰富。如今，酶已被工业上视为重要的加工辅助工具，例如，在面团处理中控制水分流失进而延长产品货架期。
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烘焙酶助力实现清洁标签
1.脂肪酶可降低烘焙食品脂肪需求量
为了满足消费者需求，烘焙行业一直在设法减少产品中脂肪的含量。然而，在蛋糕、饼干和糕点的加工过程中，脂肪扮演着一些功能性的角色，并为终产品的口感和保质期起关键性作用。所以，如果在烘焙食品中降低了脂肪的含量，就需要添加其他成分来弥补这些功能。
脂肪是一种润滑剂，可以帮助面包和饼干的面团在不发粘的情况下软化面团和增强面团流动。在配方中减少脂肪含量会导致面团粘在模具和传质面上，增加面团的浪费，且需要额外的清洗。乳化剂可以用来代替一些脂肪的功能，但乳化剂是食品添加剂，必须列入产品配料表中，容易引起消费者的反感。
脂肪酶可以酶解面粉原料中的油脂来获得的脂肪，应用于面包和蛋糕的制作，可以减少食谱中所需的脂肪量。实验表明，气室稳定性越好，气泡的膨胀越快，面包的体积越大。即面团中添加脂肪酶，面包在体积上有改善，面包屑质量也显著增加。
面点
2.淀粉酶可降低烘焙食品糖需求量
和脂肪一样，降低产品含糖量是许多烘焙师优先考虑的问题。同样，在蛋糕、饼干和糕点的加工过程中，糖也扮演着一些功能性的角色，例如：提供风味、控制面糊粘度、保湿、通过美拉德反应提供色泽等等。然而，过量的糖会改变发酵中的动力学过程，并可能导致自动化过程中出现问题。
在人们不断追求健康理念的当今，使用酶在烘焙食品中产生甜味而不是直接添加糖，才属于烘焙食品清洁标签的范畴。例如，酵母利用淀粉酶产生的可发酵糖形成面团的方式更可控，二氧化碳的生成速度较慢，可以防止面筋内脆弱的气泡网络受损。淀粉酶缓慢地工作以维持糖的平衡，直到酵母在55℃左右被灭活。酵母失活后淀粉酶继续产糖，直到淀粉酶在烘烤过程失活，这样，面团里便存在少量的糖，有利于美拉德反应面包皮变成棕色，并提供一些味道。
纤维有益于人体健康，所以很多面包师都试图增加烘焙产品中的纤维含量。然而，像麸皮这样的纤维，吸收了大量的水分，且吸收速度比面团中的其他成分较慢。当纤维吸收水分后，面团变紧，导致操作不便。面团无法扩张，限制了酵母的作用，进而会导致面包质劣，且不能很好地成型。针对上述问题，木聚糖酶可切断大纤维链间的糖苷键，以释放低分子量的糖和水。这有助于慢慢地软化面团，重新分配水分，增强气室延展性和稳定性，提高面团可操作性。
此外，在烘焙食品中，葡萄糖氧化酶和脂氧合酶有利于强化面筋；谷氨酰胺转移酶可用于强化小麦面粉蛋白；蛋白酶将肽链分解成小肽和氨基酸，可以软化饼干面团，使其流动得更好；天冬酰胺酶，可以降低烘焙食品中丙烯酰胺的含量等等。
酶制剂在食品生产中使用的应用越来越广泛，应用于烘焙领域的酶制剂种类也越来越多，烘焙食品正在随着酶制剂的发展一步步迈向清洁标签行列。