首先是概念不同，两种食品都有固定品种，卫生部都有明确规定，两者没有品种上的交集，新资源食品和药食同源的食品都可以添加到食品中，作为食品原料，多出来的品种是药食同源食品,既可以当做药品原料也可以当做食品原料，如葛根，既是中药饮片又是食品。
一、什么是新资源食品
新资源食品是指在中国新研制、新发现新引进的无食用习惯的，符合食品基本要求，对人体无毒无害的物品，如叶黄素酯、嗜酸乳杆菌等。新资源食品应当符合《食品卫生法》及有关法规、规章、标准的规定，对人体不得产生任何急性、亚急性、慢性或其他潜在性健康危害。卫生部主管全国新资源食品卫生监督管理工作。县级以上地方人民政府卫生行政部门负责本行政区域内新资源食品卫生监督管理工作。2008年5月26号发布了《2008年第12号公告》，批准嗜酸乳杆菌、低聚木糖、透明质酸钠、叶黄素酯、L-阿拉伯糖、短梗五加、库拉索芦荟凝胶为新资源食品。上述7种新资源食品用于食品生产加工时，应符合有关法律、法规、标准规定。
二、什么是药食同源
药食同源是指许多食物即药物，它们之间并无绝对的分界线，有些中药与食物是同时起源的。中药多属天然药物，包括植物、动物和矿物，而可供人类饮食的食物，同样来源于自然界的动物、植物及部分矿物质，因此，中药和食物的来源是相同的。2002年，卫生部发布了《既是食品又是药品的物品名单》，2014年，国家卫生计生委发布《按照传统既是食品又是中药材物质目录管理办法》里面囊括了很多日常生活中常见的食物或者调味品，比如丁香、八角、茴香等。
三、新资源食品及药食同源原料目录汇总
明确为普通食品：
白毛银露梅、黄明胶、海藻糖、五指毛桃、中链甘油三酯、牛蒡根、低聚果糖、沙棘叶、天贝、冬青科苦丁茶、梨果仙人掌、玉米须、抗性糊精、平卧菊三七、大麦苗、木犀科粗壮女贞苦丁茶、水苏糖、玫瑰花（重瓣红玫瑰）、凉粉草、酸角、针叶樱桃果、菜花粉、玉米花粉、松花粉、向日葵花粉、紫云英花粉、荞麦花粉、芝麻花粉、高梁花粉、魔芋、钝顶螺旋藻、极大螺旋藻、刺梨、玫瑰茄、蚕蛹、耳叶牛皮消
凉茶原料：
夏枯草、布渣叶、鸡蛋花
明确为不是普通食品：
西洋参、鱼肝油、灵芝（赤芝）、紫芝、冬虫夏草、莲子心、薰衣草、大豆异黄酮、灵芝孢子粉、鹿茸、龟甲
可用于食品的菌种：
清酒乳杆菌、产丙酸丙酸杆菌、青春双歧杆菌、动物双歧杆菌（乳双歧杆菌）、两歧双歧杆菌、 短双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、卷曲乳杆菌、德氏乳 杆菌保加利亚亚种（保加利亚乳杆菌）、德氏乳杆菌乳亚种、发酵乳杆菌、格氏乳杆菌、瑞士乳杆菌、约氏乳杆菌、副干酪乳杆菌、植物乳杆菌、罗伊氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、唾液乳杆菌、嗜热链球菌、乳酸乳球菌乳酸亚种、乳酸乳球菌乳脂亚种和乳酸乳球菌双乙酰亚种、 费氏丙酸杆菌谢氏亚种肠膜明串珠菌肠膜亚种
新资源食品原料：
番茄籽油、枇杷叶、阿拉伯半乳聚糖、湖北海棠（茶海棠）叶、竹叶黄酮、燕麦β-葡聚糖、 茶叶茶氨酸、线叶金雀花、塔格糖、奇亚籽、圆苞车前子壳、植物甾烷醇酯、蛹虫草、寡糖、 水飞蓟籽油、柳叶蜡梅、杜仲雄花、齿蛇葡萄叶、磷虾油、马克斯克鲁维酵母、裸藻、1,6- 二磷酸果糖三钠盐、丹凤牡丹花、狭基线纹香茶菜、长柄扁桃油、光皮梾木果油、青钱柳叶、 低聚甘露糖、罗伊氏乳杆菌、乳酸片球菌、戊糖片球菌、茶树花、盐地碱蓬籽油、美藤果油、 盐肤木果油、广东虫草子实体、阿萨伊果、茶藨子叶状层菌发酵菌丝体、蛋白核小球藻、乌药叶、辣木叶、中长链脂肪酸食用油、小麦低聚肽、菊芋、人参（人工种植）、茶树花、盐地碱蓬籽油、美藤果油、盐肤木果油、蚌肉多糖、叶黄素酯、翅果油、β-羟基-β-甲基丁酸钙、雨生红球藻、表没食子儿茶素没食子酸酯、蔗糖聚酯、玉米低聚肽粉、磷脂酰丝氨酸、金花茶、显脉旋覆花(小黑药)、诺丽果浆、酵母β-葡聚糖、雪莲培养物、准 DHA 藻油、棉籽低聚糖、植物甾醇、植物甾醇酯、花生四烯酸油脂、白子菜、御米油、茶叶籽油、盐藻及提取物、 鱼油及提取物、甘油二酯油、地龙蛋白、乳矿物盐、牛奶碱性蛋白、γ-氨基丁酸、初乳碱性蛋白、共轭亚油酸、共轭亚油酸甘油酯、植物乳杆菌、杜仲籽油、菊粉、多聚果糖、蛹虫草、低聚半乳糖、副干酪乳杆菌、嗜酸乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、水解蛋黄粉、异麦芽酮糖醇、植物乳杆菌、植物乳杆菌、植物甾烷醇酯、珠肽粉、嗜酸乳杆菌、低聚木糖、透明质酸钠、叶黄素酯、L-阿拉伯糖、短梗五加、库拉索芦荟凝胶、玛咖粉 等。